以卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦、新的伙伴、以及新的经历。

主角侦探星鸭被各种委托调查中发生的意外事件弄得团团转，被怀疑是未解决杀人事件的犯人，同时他也表示“看到了！闪耀的一颗星！”这句经典台词闪现了解决的方法。