SHUFFLE第二季如果要说，根本无法说的上是第二季，只能称得上是第一季的总结，总共12话，1－11话内容完全重复，分别介绍了每个女主角的经历。第12话是番外篇，也是真正实意上的OVA了。

这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫的家中，两人每天一同上课…

故事发生在名为创圣学院的学校之中，这个学校被分为男校和女校两个学部，女学部的秉性的是严肃的传统名门院校的学风，而男学部则崇尚开化和革新。泉户裕理就是在男学部就读的一名普通学生，与此同时，他的父亲是八衢神社宫的主人。 　　…