在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可…

新系列的主人公仍然是小智，他和皮卡丘一起来到卡洛斯地区的中心城市米亚雷城。遇到了迄今为止从未见过的新精灵，结识了很多新朋友。并开始了勇敢挑战卡洛斯联盟的全新冒险。