《神域少女》是一部现代都市幻想动画，讲述了四个普普通通的女孩一步步转变为传奇的神域少女的故事。受到一个预言的召唤，艾克娜、卡莉娅、埃茉拉和佩佩为了保护自己的家园，齐心协力共同对抗邪恶的敌人——以尼可拉法和黑暗巴恩的为领导…

万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。