整个故事的主角本•坦尼森现在除了使用阿兹米斯给他的新Omnitrix继续保护世界，还遇到新的伙伴入克。格温和凯文因为要去上大学，所以离开贝尔市。这也让本必须面对没有这两位老战友一起战斗的局面。幸好他还有一位新的伙伴战友鲁克。另外…

故事发生于100年后，一场爆发于地球和星球之间的战争之后，一个外星人和一个地球人生存了下来，两个人充满敌意，唯一想到的就是要摧毁对方，然而共同面临的生存危机，渐渐使他们之间的距离接近，最后他们终于建立了深厚的友情。